Existen pruebas de que en el lugar donde ahora se ubica el municipio de Fresnillo ha existido presencia del hombre desde hace millones de años. Prueba de lo anterior son los depósitos de huesos de mamuts en la Zona de Santa Anita y El Pardillo.
Asimismo, los ejemplares líticos, puntas de flecha, localizadas en terrenos de la región de Urite, y que según estudios las ubican en 10 mil años A.C.; otros en 3 mil años A. C. y otros de la época de la Colonia. )
Existen huellas de asentamientos temporales humanos cerca del cerro de Chilitos, donde se han encontrado puntas de flecha con sus raspadores, cerámica y semillas de cereales, principalmente de maíz, que se pueden ubicar en épocas anteriores la llegada de los españoles.
Otra prueba son las pinturas rupestres en la Cañada de Linares, las cuales fueron ubicadas por las pruebas en el milenio 10, antes de nuestra era.
Con esta información, podemos deducir que el paraje donde se asienta Fresnillo era continuamente visitado por grupos de tribus nómadas que hacían sus recorridos en busca de caza: guachichiles, zacatecos, pimes, irritilas, apaches, comanches, que permanecían un tiempo en un lugar y continuaban su recorrido hacia otras tierras. Preferían los lugares donde había agua, y en la zona había infinidad de embalses naturales y corrientes de agua.
La Ciudad de Fresnillo se encuentra ubicada en la parte Central del Estado de Zacatecas. En su subsuelo existen varias fallas geológicas; la principal de ellas es la denominada de "San Pedro". Antes de la conquista, éste era territorio de los Indios "Guachi chiles" (Cabezas Pintadas de Rojo), que eran grupos nómadas dedicados a la caza y a la recolección de alimentos. Ellos conocían éste lugar, donde ahora se encuentra asentada la ciudad de Fresnillo, ya que había agua, elemento indispensable le en su vida nómada. Hay evidencias de asentamientos humanos indígenas en puntos muy cercanos a lo que ahora es la ciudad, aunque creemos que éstos fueron sólo temporales, de acuerdo a sus ciclos de caza y recolección. Como haya sido, por esta zona corría un pequeño arroyo, cuyas aguas se estancaban en diferentes lugares, el más importante era el de la planicie donde ahora se encuentra la Col. Manuel M. Ponce y se extendía hasta donde está la Unidad Deportiva. Habla la tradición de "un ojo de agua", cuya ubicación creemos en un lugar muy cercano a donde ahora está el Templo de la Purificación, donde se dice que en su orilla crecía un "pequeño fresno". En el año de 1554, el día 2 de Septiembre, llegaron a éste lugares procedentes de Zacatecas,
la expedición de españoles en busca de minas con rumbo al norte, y para fundar Villas Españolas. Al frente de esta expedición venía Don Francisco de Ibarra, que como dato curioso mencionaremos que apenas contaba con 15 años de edad. Le acompañaba como su "Maestre de Campo" y Primer Lugarteniente el aguerrido y experimentado Don Juan de Tolosa, el famoso "Barbalonga".Aparte de los soldados venían también mineros y españoles, entre los nombres que podemos mencionar están: Pedro de Hermosillo, Miguel de Castro, Martín de Careaba, Pedro López del Perul, Miguel Ruiz Giral, Martín de Rentería, Juan de García y Domingo Villa bono. El Grupo se completaba con un número indeterminado de indios y negros, que cargaban las armas, alimentos, municiones, etc., también traían caballos, reses, borregos, etc. Los acompañaba el Sacerdote Fray Jerónimo de Mendoza, de la Orden Franciscana y sobrino del Virrey de Nueva España.
En esté lugar hicieron campamento durante unos días, pero antes de seguir su viaje. Conforme a la costumbre, bautizaron el lugar con el nombre de "AGUAS DEL FRESNILLO". No es extraño que esta expedición no haya dejado el suficiente número de personas para poblar el lugar definitivamente, ya que sus objetivos estaban más al norte, y aunque sin duda deben haber explorado el "Cerro de Proaño", que ya había sido descubierto y bautizado tres años antes por el Capitán DIEGO HERNANDEZ DE PROAÑO, en una de sus incursiones que por su cuenta hizo en territorio zacatecano, sólo que las investigaciones que este grupo hizo en el lugar, sin duda no fueron lo suficientemente atractivas, por lo que días después la expedición siguió su camino en la búsqueda de nuevos horizontes. Pasan los años, los grupos de españoles que incursionaban en el territorio zacatecano, ya conocían bien el lugar como punto de referencia en el camino a San Martín, pues aquí pernoctaban cuando salían de Zacatecas; también los naturales lo conocían y se servían del lugar para refrescarse. En el año de 1566. El día 8 de octubre, un grupo de mineros que andaban en la busca de las "Minas del Peñol", extraviaron el camino y encontraron fortuitamente las minas de "San Demetrio",lugar que ahora conocemos como "PLATEROS". Ellos fueron: Antonio del Valle, Pedro de Medina, Diego del Castillo, y Juan Rayón. Al descubrimiento del mineral de San Demetrio, muchos mineros de Zacatecas vinieron a ese lugar,y a los pocos días, algunos decidieron probar suerte en el Cerro de Proaño, lugar del que ya se sabía 15 años atrás. El día 24 de noviembre de 1566, Día de Santa Catalina, llegaron al lugar conocido como "Aguas del Fresnillo",para establecerse definitivamente, las siguientes personas: JACOME SHAFIN, (Chipriota),ALONSO GONZALEZ (Portugués) ,y PABLO TORRES (Castellano).Después llegaron, con semanas de diferencia, PEPRO GAYTAN, GASPAR DE ESPINOZA, FRANCISCO DE OCAMPQ GOMEZ DE GESTO ALONSO DE TABUYO, y meses después, (Principios de 1567) llegaron ALONSO DE ALARCON, GASPAR MANSQ JUAN HUIDOBRO, FRANCISCO RUIZ, JUAN DE LANDERAS Y ANTONIO DE VALPENEBRO.
Estos nombres, sin duda, deben quedar registrados en la Historia de Fresnillo, como los primeros pobladores que se establecieron definitivamente en el lugar. Dos años después (1568), por órdenes del Virrey Don Martín de Enríquez, se establece en Fresnillo un presidio, (Una Guarnición militar para proteger los intereses de los habitantes del lugar), con 8 soldados, al mando de los cuales se encontraba el Rodrigo Rio de la Loza, teniendo su cuartel en el lugar donde ahora se encuentra la Presidencia Municipal. En el año de 1612, la Villa de las Aguas del Fresnillo contaba con una Población de 1,272 habitantes. (267 es pañoles, 155 mulatos y negros y 852 Mestizos e indios).
Para 1682 la población estaba distribuida en la siguiente forma:
Los Españoles tenían sus casas por la Calle de San ta Ana, en los alrededores del Jardín Madero, parte de ir que es la Ave. Juárez, Juan de Tolosa, etc.,y los indígenas se ubicaban en dos barrios por el rumbo que ahora conocemos como el "Barrio Alto". Uno, el "Barrio d Michoacán',donde se albergaban los indios Tarascos, y e otro, el de 'Tonalá",donde estaban los indios Tecuexes. Las minas estuvieron trabajando en mayor o menor es cala en los siguientes años, sin que se hubiera presentado la necesidad de abandonar los trabajos, como había ocurrido ya en otros lugares. Fue hasta el año de 1757 cuando debido a los altos costos para desaguar las cerca de 4 minas que existían en Fresnillo, los propietarios decidie ron suspender totalmente los trabajos, ya que los había llevado a la bancarrota. Los dueños fueron embargado por el Marqués de Amarillas, (El Virrey Agustín de Ahuma das),y la propiedad de las minas se asigna al Sr. Manuel Aldaco. En los siguientes años, tal vez se trabajaron algunas mi nas, pero en forma superficial, y no tenemos informes a respecto. Lo cierto es que llegamos al año de l8l0,y cor él la guerra de independencia, y hasta el año de 182 l,1o5 trabajos estuvieron paralizados. La población decreció, a grado de quedar prácticamente abandonado el poblado.
